ライフサイエンスは、単細胞微生物から複雑な生物形態まで、植物と動物を含めた生物を扱う研究分野です。 顕微鏡検査は、細胞材料および構造物の内部動作を理解するために使用される不可欠な技術です。 光学顕微鏡は染色技術を併用して細胞成分を調べ、さまざまな細胞内システムの物理的および化学的相互作用を研究することができます。 細胞間材料のより高度な詳細について研究し、さまざまな環境的条件下や異なるライフステージでの材料の変化の仕方を研究するために、高倍率SEMとTEMが使用されています。
エネルギー分散型X線分析装置のライフサイエンスにおける使用はそれほど普及しているわけではありませんが、近代的なSDDによる低エネルギーX線検出能力のお陰で、現在成長しつつある分野のひとつです。 生物の化学元素分析は、有機炭素に窒素、硫黄、カリウムなどの元素や生活機能に不可欠な多くの重要な化合物の分布を明らかにします。 空気中、地中、または海水中の局地材料の取り込みと交換により、組織が環境化学とどのように相互作用するかを理解するために、EDSを使用することもできます。